เจนเน่ตั้งอยู่บนที่ราบน้ำท่วมถึงระหว่างแม่น้ำไนเจอร์และแม่น้ำบานีมีผู้คนอาศัยอยู่ตั้งแต่ 250 ปีก่อนคริสตกาล ทำให้เป็นหนึ่งในเมืองที่เก่าแก่ที่สุดในแถบย่อยของทะเลทรายซาฮาราแอฟริกา มีความเจริญรุ่งเรืองระหว่างศตวรรษที่ 13 และ 18 โดยเป็นศูนย์กลางการขนส่งสินค้าที่สำคัญเกลือและทองคำ กองคาราวานค้าขายยังได้นำนักวิชาการและนักธรรมาจารย์

ซึ่งนำศาสนาอิสลามมาสู่ภูมิภาคนี้ ไม่นานนักที่เจนเน่จะกลายเป็นศูนย์กลางของทุนการศึกษาด้านอิสลาม โดยอาคารในปัจจุบันของมัสยิดใหญ่แห่งนี้สร้างขึ้นในปี 1907 บนที่ตั้งของมัสยิดดั้งเดิมของชุมชน ซึ่งทรุดโทรมลงในช่วงศตวรรษที่ 19 อิทธิพลของอิสลามมีความชัดเจนในทุกวันนี้ โดยนักเรียนมักจะศึกษาคัมภีร์อัลกุรอานตามท้องถนนของเจ็นเน่ มัสยิดใหญ่มีหอคอยสุเหร่าที่โดดเด่นสามแห่ง โดยมีต้นปาล์มโรเดียร์หลายร้อยแท่ง เรียกว่า ‘โทรอน’ ซึ่งยื่นออกมาจากผนังของโครงสร้าง หลังจากไปเยือนในช่วงต้นทศวรรษ 1900 นักข่าวชาวฝรั่งเศส เฟลิกซ์ ดูบัวส์ บรรยายอย่างมีสีสันว่ามัสยิดแห่งนี้เป็น ‘ลูกผสมระหว่างเม่นกับอวัยวะในโบสถ์’ มัสยิดใหญ่ยังคงเย็นสบายแม้ในช่วงวันที่อากาศร้อนที่สุด โครงไม้ภายใน 90 เสารองรับหลังคาและผนัง ซึ่งเป็นฉนวนป้องกันความร้อนจากแสงแดด ในขณะเดียวกัน หลังคามีช่องเปิดหลายช่องเพื่อให้อากาศบริสุทธิ์ไหลเวียนในฤดูแล้ง แต่สามารถปิดด้วยฝาดินเผาได้ในช่วงฤดูฝน ห้องละหมาดของมัสยิดจุคนได้มากถึง 3,000 คน